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La fouille du Sérapéum de Memphis a été conduite par Auguste Mariette entre 1850 et 1854. Faute de temps, il ne put mener son projet à terme. Toutefois, la documentation mise au jour s’est avérée essentielle pour la connaissance de l’histoire de l’Égypte ancienne.

En 1985, suite à des fissures apparues dans le plafond et les murs des Grands Souterrains qui abritaient les tombes du taureau sacré depuis la XXVIe dynastie (après l’an 20-21 de Psammétique Ier) jusqu'à l'époque ptolémaïque, le directeur du site de Saqqara, Mohammed Ibrahim Aly, fit faire des relevés architecturaux, puis consolider ces souterrains : à cette occasion, quelque 80 nouvelles stèles furent découvertes. L'année suivante, il décida de dégager l'entrée des Petits Souterrains : d'autres stèles, des chaouabtis et des reliefs remontant à une période comprise entre l'époque ramesside et le début de la XXVIe dynastie apparurent. Les travaux durent rapidement être interrompus en raison des difficultés structurelles et du coût de cette entreprise.

Si une partie du Sérapéum est accessible à la visite depuis 2012, le lieu d’enterrement des Apis de l’époque romaine n’a pas encore été retrouvé et le dégagement des Petits souterrains mérite d’être poursuivi. Une reprise des fouilles permettrait de découvrir de nouveaux témoins de l’histoire de l’Égypte ancienne et, plus particulièrement, d’une époque qui reste mal connue, la Troisième Période intermédiaire.